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R語言在生態學研究當中的應用分析編寫代碼處理數據已經成為很多生態學者日常的工作之一。能夠用于編程的語言很多，近年來，R語言以其靈活、開源、易于掌握、免費等諸多優點，在生態學研究各領域迅速傳播並贏得廣大研究者的青睞。為了研究R語言在生態學研究論文裡面使用情況，我們通過逐篇查閱的方式，

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分析近10年來（2008-2017）30種影響因子3以上SCI生態學刊物60902篇研究論文（不包括綜述）使用R語言作為數據分析工具的情況。結果表明，

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生態學研究論文使用R語言作為數據分析工具的比例從2008年11.4%線性增加到2017年58%（圖1和圖2），並在2016年已經超過50%，佔居半壁江山，以不爭的事實說明R語言已經成為生態學研究中最主要的數據分析工具。從10年平均水平來看，以英國生態學會刊物Methods in Ecology and Evolution最高，達到53%，其他幾個跟宏生態學相關的刊物也有比較高的R語言使用比例，例如Global Ecology and Biogeography（51.6%）錛 Ecography （50.9%）等 Diversity and Distributions（46.3%）等（圖3）。圖1. 30種生態學SCI刊物（IF3）從2008-2017年所發表研究論文使用R語言比例總體變化趨勢（基于60902篇文獻研究結果）圖2. 30種生態學SCI刊物（IF3）從2008-2017年所發表研究論文使用R語言比例每種刊物變化趨勢圖330種生態學SCI刊物（IF3）從2008-2017年所發表研究論文使用R語言作為數據分析工具比例比較 在這6萬多篇被調查研究論文中，總共有超過2錛400個R程序包被使用，

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其中有31個包被使用超過100次（圖4）。使用頻次最多10個包是lme4錛 vegan錛 nlme錛 ape錛 MuMIn錛 MASS錛 mgcv錛 ade4錛 multcomp和car。通過NMDS排序圖可以看出，雜志所涉及的領域相同，所使用的程序包的組成也比較一致（圖5）。圖430種生態學SCI刊物（IF3）從2008-2017年所發表研究論文使用R程序包使用頻次排位圖5基于刊物之間的程序包Bray-Curtis差異值的NMDS的排序圖 R語言深受生態學者的青睞的原因很多，主要有資源豐富、免費開源和容易獲得相關分析代碼等因素。R語言在生態學者中的普及對于推動生態學研究成為開放科學（open science）起到積極作用。本論文研究結果已經由美國生態學會刊物Ecosphere在2019年1月份以論文“Evaluating the popularity of R in ecology”在線刊出 https://esajournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/ecs2.2567。2018十大“科學”流言求真榜：酸堿體質居首作者：吳月輝 來源：人民日報 發布時間：2019/1/11 9:08:01過去的2018年，你可能因為看到“酸性體質是百病之源？”的新聞而努力讓自己變成堿性體質；也可能因問題疫苗事件的爆發而對疫苗失去信任……事實是這樣嗎？在10日舉行的2018年度十大“科學”流言求真榜發布會上，中國科學院國家天文台暗能量首席科學家陳學雷，中國疾控中心免疫規劃中心主任醫師餘文週等10位專家，現場為公眾撥開迷霧，揭示真相。人的體質沒有酸堿之分流言：酸性體質是百病之源。真相：“酸堿體質”本身就是一個偽理論。人體時刻都在進行新陳代謝，

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其中很多反應對酸堿度十分敏感，但人體有一套有效的調節系統，使pH值保持基本穩定，只會在一個很小的範圍內波動。也就是說，食用任何食物都不會改變人體的pH值，就算是喝醋也不會讓人體變得酸性更強。至于“酸性體質生女，堿性體質生男”，更是無稽之談。每天喝幾杯咖啡不會致癌流言：飲用咖啡會致癌。真相：咖啡中含有的丙烯□胺被列為2A類致癌物，但2A類致癌物的含義是在動物實驗中具有明確致癌作用，人群研究結果未有定論，只是具有潛在風險性。據《食品與化學毒物學》期刊的文章介紹，當人體每日每千克體重攝入2.6微克至16微克丙烯□胺時，就會有罹患癌症的風險。按此計算，一個體重55公斤的人，每日丙烯□胺耐受量為143微克。一杯160毫升咖啡，平均丙烯□胺含量為0.45微克，每天至少要喝318杯才可能產生致癌風險。疫苗是對抗傳染性疾病最有力的武器流言：疫苗不值得信任，也沒效果，不接種沒關系。真相：疫苗是用于預防傳染病的自動免疫制劑，截至目前，疫苗是人類對抗傳染性疾病最有力的武器。目前我國之所以能將白喉、百日咳和新生兒破傷風發病率控制在較低水平，靠的就是極高的接種率。接種疫苗是安全的，所獲得的收益遠大于可能由其帶來的危害。只有足夠多的人接種疫苗，才能夠形成廣泛的、有力的防禦。洗牙可以預防口腔疾病流言：洗牙會把牙齒洗壞。真相：洗牙不是為了美白牙齒，

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而是去掉牙面的細菌、牙結石等。至于牙縫變大、牙齒鬆動，那說明牙齒本來就有問題，很可能牙齦已經開始萎縮，是牙週病本身所致。如不及時清除牙結石，情況只會越來越糟。北鬥地圖不等于北鬥衛星導航系統流言：北鬥地圖APP可以替代GPS。真相：北鬥地圖不等于北鬥衛星導航系統，是地圖軟件，主要提供的是基于位置的增值服務，比如位置顯示、規劃路徑等。這裡面最核心的是地圖，有很多手段可以進行地圖的繪制，包括遙感衛星、地圖觀測車、無人機觀測等。手機地圖採用哪個衛星導航系統做定位，主要取決于手機的硬件。如果手機不具備支持北鬥系統的硬件，那麼下載了北鬥地圖APP也跟北鬥系統沒有關系。家用節能燈不會對人體造成傷害流言：家用節能燈會對人體造成傷害。真相：國內外權威檢測機構的檢測結果顯示，節能燈的紫外線輻射的總能量只佔節能燈釋放總能量的6□，也就是說15瓦節能燈的紫外線功率僅為0.09瓦，而且節能燈裡的長波紫外線不會穿透人體的真皮層。一般來說，只要符合我國標準的合格節能燈，都能把紫外線輻射量控制在安全範圍內，不會對人體造成損害。此外，一只節能燈中只有幾毫克汞，而且被封在燈裡面，即使燈被打碎了，也要幾百只燈同時碎掉，並且是在一個很小的密閉環境下，全被一個人吸入才有可能對人造成危害，這種事件發生的概率幾乎為零。間質不是人體器官流言：科學家發現，

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間質是人體最大的器官。真相：“間質”的概念由來已久，早在上世紀50年代就有過相關報道。它其實就是若幹結締組織、膠原蛋白和內襯細胞組成的網狀微型液體腔，和很早前就提出的“細胞外間質”屬于同一範疇，目前還僅在組織層面，離器官差著一個等級，把這樣一個非典型的簡單構造稱作器官，實在牽強。宇宙牆並不神秘流言：宇宙牆為宇宙劃定了邊界。真相：上世紀80年代，天文學家們在觀測中發現了由許多星系組成的、長條形的大尺度結構，被他們戲稱為星系長城或者星系之牆。這種結構沒有神秘的性質，以往也發現過很多次，算不上特別重大的新發現。最近發現的不同在于比以往發現的類似結構更大、形成更早。同時由于他們誤解了“巨洞”和“牆”這些詞的含義，于是就想象出了一個完全被牆包裹著的神秘宇宙來。北極熊沒有正在滅絕流言：北極32攝氏度高溫使北極熊正在滅絕。真相：大家關注的最高溫地點出現在歐亞大陸西北角的挪威西北部海岸，該地區受到北大西洋暖流影響，溫度本來就比同緯度的北極地區高一些，出現32攝氏度的氣溫並不奇怪。氣候變暖使北極熊的冰上狩獵期縮短、狩獵面積減少，的確對其生存造成一定影響，但這不能說明和32攝氏度有具體關系，挪威西北海岸本來也不是北極熊的棲息地。此外，根據加拿大氣候變遷和環境保護機構發表的數據預測來看，北極熊數量在2018年展望為“穩定到上漲”。能見度受四方面因素影響流言：室外能見度低都是重污染惹的禍。真相：能見度是指視力正常的人能將目標物從背景中識別出來的最大距離，單位是米或者公裡，

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主要受顆粒物濃度、化學成分、相對濕度、太陽輻射的影響。我們常說的“空氣質量”只代表顆粒物濃度。夏季濕度較大，對陽光散射作用明顯增強，

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導致光線投入到人眼中的量減少，所以能見度降低。這和顆粒物濃度高導致的污染天氣很像，所以會容易被誤認為“空氣質量重污染”。，